Sau khi Liên bang Xô viết tan rã, việc tăng cường quá trình tái cơ cấu kinh tế trở thành một trong những ưu tiên hàng đầu của Yeltsin và chính phủ của ông đã tiến hành một chiến dịch tư nhân hóa ồ ạt các doanh nghiệp nhà nước. Tuy nhiên, sự thiếu khả năng của chính phủ cũng như những hành động mang tính phá hoại do các lực lượng ủng hộ lạm phát đưa ra khiến nền kinh tế Nga càng suy sụp thêm. Đất nước nhanh chóng rơi vào tình trạng hỗn loạn trong thời gian diễn ra quá trình tái phân phối tài sản quốc gia. Những thành viên cũ của Đảng cộng sản và Đoàn thanh niên cộng sản, đa số họ vẫn còn đang nắm quyền lực trong các cơ cấu của chính phủ mới, có được thời cơ thuận lợi nhất nhằm chiếm đoạt những khối tài sản khổng lồ. Cùng khi ấy, những nhà doanh nghiệp trên khắp đất nước bắt đầu có cơ hội xây dựng doanh nghiệp của riêng mình.

Chương trình cải cách của Yeltsin bắt đầu có hiệu lực ngày 2 tháng 1 năm 1992 (xem Cải cách kinh tế Nga trong thập kỷ 1990 để biết thêm các thông tin chi tiết). Một thời gian ngắn sau đó, giá cả tăng với tốc độ chóng mặt, chi tiêu chính phủ bị hạn chế, và những loại thuế cao mới bắt đầu có hiệu lực. Một cuộc khủng hoảng tài chính khiến nhiều ngành công nghiệp phải đóng cửa và gây ra tình trạng giảm phát kéo dài. Những người quản lý chính sách tín dụng của chính phủ Yeltsin trong thời gian này đã kiếm được những khoản tiền lớn nhờ các quyền lực về tín dụng. Cùng khi ấy, tiết kiệm ngân hàng của người dân thường nhanh chóng tan biến cùng với lạm phát.

Nhiều nhà chính trị nhanh chóng tự tách biệt mình khỏi chương trình của Yeltsin; và ngày càng tham gia vào cuộc đối đầu chính trị giữa một bên là Yeltsin, và những người đối lập chính trị phản đối cuộc cải cách triệt để nền kinh tế ở phía kia. Cả hai phía đều cáo buộc nhau tham nhũng. Aleksandr Rutskoy, người cầm đầu một ủy ban chống tham nhũng, đã tuyên bố thu thập được "mười một cặp" hồ sơ cho thấy các hành động tội phạm của những kẻ thân tín với Yeltsin: cựu quyền thủ tướng (sau này là phó thủ tướng) Yegor Gaidar, thư ký quốc gia Gennady Burbulis, bộ trưởng thông tin và báo chí Mikhail Poltoranin và các cựu phó thủ tướng Vladimir Shumeiko và Alexander Shokhin, chủ tịch Ủy ban Tài sản Nhà nước Anatoly Chubais và bộ trưởng ngoại giao Andrey Kozyrev. Trong số 51 trường hợp Rutskoy báo cáo lên Tòa án Nhà nước, sau này 45 vụ đã được chứng minh là đúng sự thực. Để trả đũa, Yeltsin cách chức chủ tịch ủy ban chống tham nhũng của Aleksandr Rutskoy và buộc tội ông này tham nhũng cũng như có một tài khoản trong nhà băng Thụy Sĩ. Các cáo buộc đó sau này đã được chứng minh là không có cơ sở.

Suốt năm 1992, những sự chống đối với các chính sách cải cách của Yeltsin ngày càng mạnh mẽ trong số những người có tâm huyết với tình hình công nghiệp đất nước, trong số những vị thống đốc vùng muốn có được sự độc lập lớn hơn từ Moskva và trong số những đối thủ của ông đang đấu tranh cho phần của họ từ tài sản nhà nước. Phó tổng thống Nga, Aleksandr Rutskoy, đã tố cáo chương trình của Yeltsin là cuộc "diệt chủng kinh tế." Các vị lãnh đạo tại các nước cộng hòa nhiều dầu mỏ như Tatarstan và Bashkiria kêu gọi giành lấy độc lập hoàn toàn từ nước Nga.

Cũng trong suốt cả năm 1992, Yeltsin đương đầu với Xô viết Tối cao và Đại hội đại biểu nhân dân toàn Nga nhằm giành kiểm soát toàn bộ chính phủ, lĩnh vực hoạch định chính sách chính phủ, lĩnh vực ngân hàng chính phủ và tài sản chính phủ. Trong năm này, người phát ngôn Xô viết tối cao Nga, Ruslan Khasbulatov ra mặt chống đối các cuộc cải cách, dù vẫn tuyên bố ủng hộ các mục tiêu nói chung của Yeltsin. Tháng 12 năm 1992, Đại hội đại biểu nhân dân lần thứ bảy thắng lợi trong việc hạ bệ ứng cử viên được Yeltsin hậu thuẫn là Yegor Gaidar khi ông này tranh chức Thủ tướng Nga.

Cuộc tranh chấp càng gay gắt ngày 20 tháng 3 năm 1992 khi Yeltsin, trong một lần phát biểu trên truyền hình quốc gia, đã thông báo rằng ông đang chuẩn bị nắm lấy một số "quyền lực đặc biệt" nhằm tiến hành các chương trình cải cách của ông. Đối lại, Đại hội đại biểu nhân dân vội vàng kêu gọi nhóm họp phiên thứ 9 nhằm phế bỏ chức vụ tổng thống của Yeltsin theo lời buộc tội ngày 26 tháng 3 năm 1993. Các đối thủ của Yeltsin có được hơn 600 phiếu thuận cho lời buộc tội này, nhưng vẫn còn thiếu 72 phiếu để đạt tới đa số hai phần ba cần thiết. Hơn nữa, ngày 25 tháng 4 năm 1993 Yeltsin giành chiến thắng trong cuộc trưng cầu dân ý về lòng tin của người dân đối với ông cũng như chương trình cải cách nghị viện của ông.

Ngày 21 tháng 9 năm 1993, Yeltsin giải tán Xô viết tối cao và Đại hội đại biểu nhân dân bằng nghị định, trái với Hiến pháp Nga năm 1978, được cập nhật năm 1991, nói rằng:

Điều 121-6. Các quyền lực của Tổng thống Liên bang Nga không thể được sử dụng để thay đổi nhà nước và tổ chức nhà nước Liên bang Nga, để giải tán hay cản trở hoạt động của bất kỳ một tổ chức quyền lực nhà nước nào được bầu ra; nếu không, Tổng thống sẽ ngay lập tức mất quyền lực của mình.

Nghị định của Yeltsin quy định giai đoạn chuyển tiếp cho tới cuộc bầu cử nghị viện mới, Duma Quốc gia và trưng cầu dân ý về một hiến pháp mới. Nghị định này đã gây ra cuộc Khủng hoảng hiến pháp Nga 1993 và chỉ kết thúc với một cuộc tranh giành quân sự tại Mátxcơva, khiến 187 người thiệt mạng, Sô viết tối cao tuyên bố tước bỏ chức vụ tổng thống của Yeltsin, vì vi phạm hiến pháp, và Phó tổng thống Rutskoy tuyên thệ nhậm chức tổng thống tạm quyền. Toà án hiến pháp xác nhận những hành động đó là hợp hiến. Tuy nhiên, cùng với sự hỗ trợ của truyền thông và quân đội, Yeltsin nắm quyền kiểm soát, tìm cách cô lập nghị viện bằng cả sức mạnh và truyền thông. Sau hai tuần cuộc khủng hoảng biến thành những cuộc ẩu đả đẫm máu trên đường phố, toà nhà nghị viện bị ném bom và chiếm giữ, các lãnh đạo nghị viện bị bắt giam.

Các cuộc bầu cử Duma Quốc gia mới được tổ chức ngày 12 tháng 12 năm 1993, trong đó Đảng Dân chủ Tự do Nga cánh hữu và Đảng cộng sản Nga có được số ghế cao, trái ngược với đảng "Sự lựa chọn của nước Nga" được Yeltsin ủng hộ. Tuy nhiên, cuộc trưng cầu dân ý được tổ chức cùng thời điểm đó đã thông qua hiến pháp mới, theo đó mở rộng quyền lực tổng thống, trao cho ông quyền chỉ định các thành viên chính phủ, bãi nhiệm thủ tướng, và, trong một số trường hợp, giải tán Duma.Dù có những nỗ lực "cải thiện" chính phủ, mạng lưới các thể chế chính phủ Nga vẫn hầu như đông đảo tương đương thời kỳ Sô viết. Chính phủ có hàng nghìn công chức quan liêu dính líu nặng nề tới hối lộ và tham nhũng.

Việc tư nhân hoá tài sản quốc gia năm 1993 là một sự kiện rất đáng chú ý. Về mặt chính thức, quá trình tư nhân hoá được coi là một sự phân chia công bằng tài sản quốc gia cho các công dân. Trên thực tế, những người dân thường hầu như chỉ có được những chứng từ vô giá trị (một chứng từ chỉ tương đương một chai vodka), trong khi những người có địa vị trong cơ cấu chính phủ chiếm được những khoản gia tài kếch sù. Trong nhiều trường hợp, họ là những người cộng sản cũ có được vị trí này nhờ các quan hệ với chính phủ. Việc tư nhân hoá được quảng cáo là một phần của cuộc đấu tranh chống lại các lực lượng muốn tái lập chủ nghĩa cộng sản trong nước.

Sau khi giành được quyền lực tuyệt đối trong nước, Yeltsin bị cho là đã vi phạm pháp luật khi chỉ định những người họ hàng của mình vào các vị trí chủ chốt trong chính phủ. Con gái ông, Tatyana Dyachenko, một người lập chương trình máy tính, trở thành cố vấn tổng thống năm 1996. Những hành động đó vi phạm trực tiếp vào Luật pháp Liên bang Nga "Về Chức vụ Quốc gia", nói rằng:

Điều 21. Một công dân không thể được chấp nhận giữ một chức vụ nhà nước trong trường hợp người đó là người thân của một quan chức nhà nước và công việc của một người nằm dưới sự quản lý trực tiếp của người kia.

Trong nhiệm kỳ tổng thống của Yeltsin, nhiều cách cư xử vụng về của ông được dân chúng biết tới rộng rãi. Ngày 29 tháng 8 năm 1994, Yeltsin đã thử chỉ huy trực tiếp một giàn giao hưởng trong chuyến viếng thăm Đức của mình. Tình trạng của ông ở thời điểm đó được các nhà báo tường thuật là "thiếu nghiêm chỉnh". Tình tiết này đã được ghi lại. Tháng 9 năm 1994 (theo Tướng Alexander Korzhakov), Yeltsin đã ra lệnh ném thư ký báo chí của mình là Vyacheslav Kostikov xuống sông Volga để làm nhục ông. Ngày 30 tháng 9 năm 1994, Yeltsin không thể ra khỏi máy bay để dự cuộc gặp gỡ chính thức với Thủ tướng Ireland. Những lời giải thích chính thức sau đó nói rằng ông ta ngủ quên.

Tháng 12, 1994, Yeltsin ra lệnh cho quân đội tiến vào Chechnya trong một nỗ lực nhằm tái lập quyền kiểm soát của Mátxcơva với nước cộng hoà li khai này. Sau này Yeltsin đã rút các lực lượng liên bang khỏi Chechnya theo một thoả thuận hoà bình năm 1996 do Aleksandr Lebed khi ấy là thư ký an ninh quốc gia, dàn xếp. Thoả thuận cho phép Chechnya có quyền tự trị rộng rãi hơn nhưng không được hoàn toàn độc lập; xem Chiến tranh Chechnya lần thứ nhất.

Tháng 7, 1996, Yeltsin thắng cử nhiệm kỳ thứ hai với sự hỗ trợ tài chính từ phía các đầu sỏ chính trị, những người đã trở nên giàu có nhờ các mối quan hệ với bộ máy của Yeltsin. Theo Tướng Korzhakov, Roman Abramovich là người quản lý tài chính chính của gia đình Yeltsin. Cũng có lời đồn đại rằng Yeltsin đã bảo vệ Abramovich khỏi bị truy tố vì nhiều hành vi phạm tội khác từ ăn cắp nhiên liệu diesel tới việc dàn xếp chiếm Sibneft một cách trái luật. Dù chỉ có được 35% số phiếu ở vòng đầu tiên cuộc bầu cử năm 1996, Yeltsin đã đánh bại đối thủ cộng sản Gennady Zyuganov trong cuộc đối đầu trực tiếp năm đó. Cuối năm này, Yeltsin phải trải qua một cuộc phẫu thuật đường rẽ (bypass) tim và phải ở trong bệnh viện nhiều tháng.

Trong nhiệm kỳ tổng thống của Yeltsin, ông đã nhận được 40 tỷ dollar Mỹ từ IMF và các tổ chức tài chính quốc tế khác để ủng hộ ông về mặt chính trị và giúp nền kinh tế Nga. Tuy nhiên, phần lớn số tiền đó đã bị các nhân vật thân cận với Yeltsin chiếm đoạt và gửi vào các ngân hàng nước ngoài [cần dẫn nguồn]. Một số người tin rằng việc vay tiền từ IMF chỉ một thời gian ngắn trước khi rơi vào tình trạng vỡ nợ năm 1998 là một âm mưu đã được tính toán kỹ lượng từ trước.

Năm 1998, một cuộc khủng hoàng kinh tế và chính trị xuất hiện khi chính phủ Yeltsin không thể trả nổi các khoản nợ của mình, gây ra tình trạng hoảng loạn trên các thị trường tài chính và khiến đồng tiền tệ quốc gia, đồng rúp mất giá.

Ngày 15 tháng 5 năm 1999, Yeltsin lại vượt qua được một nỗ lực khác nhằm buộc tội ông, lần này bởi những đối thủ dân chủ và cộng sản bên trong Duma Quốc gia. Ông bị buộc nhiều tội vi hiến, quan trọng nhất là đã ký kết các thoả thuận tại Belovezhskaya Puscha, giải tán Liên bang xô viết vào tháng 12, 1991, vụ đảo chính tháng 10, 1993 và gây ra cuộc chiến ở Chechnya năm 1994. Không một lời buộc tội nào ở trên nhận được đủ đa số hai phần ba tại Duma để bắt đầu một tiến trình luận tội tổng thống.

Ngày 9 tháng 8 năm 1999 Yeltsin cách chức thủ tướng Sergei Stepashin, và là lần thứ tư, cách chức toàn bộ nội các. Trong cả cuộc đời mình, Yeltsin luôn nổi tiếng là người bốc đồng trong việc cách chức và cải tổ lại bộ máy nhân sự của mình. Ông chỉ định Vladimir Putin, một người khá kín tiếng ở thời điểm ấy làm thủ tướng và thông báo ý định muốn đưa Putin làm người kế vị mình.

Trong cuộc Chiến tranh Kosovo năm 1999, Yeltsin mạnh mẽ phản đối chiến dịch quân sự của NATO chống lại Nam Tư và cảnh báo Nga có thể can thiệp nếu NATO triển khai bộ binh tới Kosovo.

Yeltsin tiếp tục giữ chức tổng thống Nga tới ngày 31 tháng 12 năm 1999, nhưng các sự kiện năm 1991 đã chứng tỏ là đỉnh cao sự nghiệp của ông, cả về mặt lịch sử và cá nhân. Tỷ lệ ủng hộ ông giảm xuống chỉ còn 5% trong những tháng cuối cùng. Được con gái là Tatyana Dyachenko thuyết phục, ông từ chức ngày 31 tháng 12 năm 1999, và theo Hiến pháp Nga, Thủ tướng Vladimir Putin trở thành tổng thống tạm quyền cho tới khi các cuộc bầu cử mới được tổ chức ngày 26 tháng 3 năm 2000.

Một điều kiện được cho là cần thiết để Putin có được sự ủng hộ của Yeltsin là Putin phải đảm bảo rằng Yeltsin cũng như toàn bộ các thành viên "Gia đình" (một thuật ngữ thông dụng chỉ những nhân vật thân thiết với chính phủ trong nhiệm kỳ của ông) sẽ không bị truy tố vì tội sử dụng quân đội trái hiến pháp chống lại nghị viện hợp pháp, vi phạm các điều luật, tham nhũng, ăn hối lộ hay lừa dối.